、作用机理不一样。

草胺膦是膦酸类，作用机理——积铵触杀，抑制谷氨酰胺合成。草铵膦为膦酸类非选择性传导型除草剂，通过抑制谷氨酸合成酶这一植物的重要解毒酶作用，导致植物体内氮代谢紊乱，铵过量积累，叶绿体解体，从而使植物光合作用受抑制，终导致杂草死亡。
  百草枯则通过阻碍植物的光合作用而起效，能让与之接触的任何植物绿色部分发生枯萎。

2、作用方式不一样。
  草铵膦是半内吸或内吸很弱无传导的触杀灭生性除草剂；
  百草枯是纯触杀型灭生性除草剂。

3、安全性差别极大。

  草铵膦安全性好：若药液飘移，草铵膦只在接触部位产生药斑，对作物生长没有影响；
  百草枯会杀灭作物，导致作物绝收。

4、持效期差别显著。
  草铵膦为半内吸性除草剂，能杀死根部，控草效果可长达30-45天以上；
  百草枯为触杀型除草剂（现在市场上宣传能杀根的百草枯，均添加了隐性成分），不能除根，控草时间正常为20天左右，雨水多的气候条件下，杂草反弹快、易长出新草危害。

5、抗生杂草比高下。
  对付抗性恶性杂草如牛筋草、小飞蓬、艾蒿等：百草枯无效或效果极差；而草铵膦特效（南方防除80公分以上的牛筋草，草铵膦都能防除；当然为了提高药效有人在草铵膦中添加精喹或高盖的）。